Βάζετε σε μια λεκάνη τον τραχανά, λίγο νερό και τον ανακατεύετε για να μουσκέψει. Σοτάρετε σε ένα τηγάνι τα κρεμμύδια με μία κουταλιές σούπας βούτυρο. Τα ρίχνετε στον τραχανά, προσθέτετε λίγο αλάτι, πιπέρι, τα τυριά και τα ανακατεύετε.
Αλείφετε ένα ταψί Νο 30 με βούτυρο, στρώνετε τέσσερα φύλλα, αλείφοντάς τα ένα ένα με βούτυρο, και απλώνετε ένα μέρος από το μείγμα του τραχανά. Συνεχίζετε στρώνοντας εναλλάξ δύο φύλλα αλειμμένα με βούτυρο και λίγο μείγμα τραχανά, ώσπου να τελειώσουν τα υλικά και να μείνουν τρία φύλλα, που τα στρώνετε στο τέλος, αλείφοντας τα με βούτυρο. Κόβετε τα φύλλα που εξέχουν από το ταψί και γυρίζετε τις άκρες προς τα μέσα.
Χτυπάτε τα αυγά, ρίχνετε το υπόλοιπο βούτυρο, το γάλα και το αλεύρι. Χαράζετε την τραχανόπιτα σε κομμάτια και την περιχύνετε με το μείγμα. Την αφήνετε για 1/2 ώρα. Την ψήνετε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς για 45 λεπτά. Αφού κρυώσει λίγο, την κόβετε σε κομμάτια και τη σερβίρετε.
